方之航被杀真相是因写了一首诗而被方式舟陷害，乾隆（张铁林版，狄龙版，邱心志版）只是下令将方之航被捕入狱，并未下令斩首，谁知乾隆听信方式舟谗言一时疏忽，把这个案件拖了一年之久，方式舟趁机捏造事实说方之航妻子杜雪吟（胡小廷（第三部）、秦岚（新还珠格格））贿赂地方官准备劫囚，马大人滥用乾隆给他的先斩后奏的权利处死方之航。