神探狄仁杰云姑反叛的原因是：云姑的亲妹妹小清死在了自己的同伴手中，她也知道了自己只是他们的一个工具，没有利用价值就会被抛弃，所以云姑选择背叛了宗主元齐，加入了朝廷的官军，成为了帮助狄仁杰消灭宗主元齐的主要助手，可以说这是一个非常无奈的选择。