清晨藻体上浮聚集时，将生石灰打成粉，撒在藻体上，连续洒2—3天，可杀死大部分藻体。

池塘经常灌注新水，不使水中的有机质过高，可控制微囊藻的繁殖，当该藻大量繁殖时，可全池泼洒硫酸铜和硫酸铜、硫酸亚铁合剂(5：2)，使水成0.5—0.7ppm，放药后应开增氧机，或在第二天清晨酌情加注新水，以防浮头。