埃及全国干燥少雨，气候干热。埃及南部属热带沙漠气候，夏季气温较高，昼夜温差较大。尼罗河三角洲和北部沿海地区，属亚热带地中海气候，气候相对温和，其余大部地区属热带沙漠气候。

白尼罗河发源于南半球的热带草原气候区，青尼罗河发源于北半球的热带草原气候区，两河汛期不同。