区别如下：

1、方式不同

流放是将已定刑的人押解到荒僻或远离乡土的地方，以对案犯进行惩治。发配是先在死刑减等的罪犯或其他重犯脸上刺字，再押解到边远的地方去服劳役。

2、惩罚政策不同

流放：是十分独特的政治现象，被统治者自诩为一种仁慈的刑罚。所谓“不忍刑杀，流之远方”（《大清律例·名例律上》），从而体现了儒家所提倡的仁政和慎刑。

发配：《明史.刑罚志》充军者，明初唯边方屯种，后定制，分极边，烟瘴，边远，边卫，沿海，附近军。有终生，永久。终身，规定罪犯要服役到死，永久，还要罪及子孙后代。