合成的寡核苷酸探针的最大优势是可以区分仅仅一个碱基差别的靶序列。

合成的寡核苷酸探针具有一些独特的优点：

由于链短，其序列复杂度低，分子量小，所以和等量靶位点完全杂交的时间比克隆探针短，如20nt的寡核苷酸探针在浓度为100ng/ml，靶序列为1～100pg、1kb片段或3×10-18~3×10-16mol/l时，达到最大程度的杂交只需10min，而用2kb的克隆探针在同样条件下达到完全杂交则需16h。