明珠当上内阁是在在平定三藩之乱中，明珠辅佐康熙运筹帷幄。他频繁参与议政王大臣会议，讨论军情，制定应敌策略。

头两年，正值明珠担任兵部尚书，他全身心投入工作，议定紧急的军事调遣，为平定叛乱可谓费尽心机。