原理为采用各种可能得方式，对纳米尺寸的分子或原子的化学反应以及分子，原子相互作用的组装，自组装过程的诱导，干预和控制。

分子制造技术要以实际系统的科学理论为依据，建立满足实际系统的微观动力学模型，客观反应纳米尺寸内的分子的运动规律。所以原理就是分子相互作用的组装或者自组装。