其最后结局是琴·葛雷死亡，X教授复活，万磁王能力恢复。

剧情内容：一家生化制药公司研发一种药物，可治愈变种人的基因突变，此消息让变种人联盟大为生气，认为变种人不需要被治愈。万磁王于是宣战，X教授被琴·葛雷蜕变成的黑凤凰消灭，万磁王率领黑凤凰等变种人对抗人类，金刚狼与钢人必须挺身而出，成为X战警的领导核心。

最终琴·葛雷被金刚狼杀死，大战结束，变种人和人类停战，恢复往日的平静。X教授借助植物人弟弟的身躯复活。