一、含义不同：LC3合成之后是前提LC3pro-LC3立刻C末端被ATG4水解切割掉一段多肽，暴露甘氨酸，这个是LC3-I，胞浆分布。

二、性质不同：自噬过程中，LC3-I在ATG7和ATG12-ATG5-ATG16L作用下（和泛素修饰过程很像），与磷脂酰乙醇胺共价结合，这个才是LC3-II，结合在自噬体膜上。LC-II由于磷脂酰乙醇胺的修饰，导致电荷的变化，使得迁移率更快，所以SDS-PAGE中显得分子量比LC3-I小。