驾驶员驾驶机动车在妈屿岛高速公路上停车肯定的会被高速公安交警给予罚款并扣分的，因为巜中华人民共和国道路交通安全法》专门有规定，对于高速公路上的违法停车交通违法行为必须要给予严厉打击，因为其行为存在极大的安全隐患，极易发生交通事故。