此种“红水”多出现在8月份以后的苗种池塘中。引起这种形式的红水的单一藻相可能有多种，绿藻门的种类是主要的。

由甲藻引起的红水目前受关注，主要原因有两方面：一是甲藻藻相所特有的水体颜色—红色二是甲藻所产生的甲藻毒素。

当养殖池塘的红水是由于甲藻引起时，鱼类基本不会处于严重浮头状态，更不会有泛塘的可能。但由甲藻引起的红水反映出该池塘藻相单一，稳定性不高，容易发生大规模的倒藻。因此需要从水质管理的角度对这种池塘水质进行调节，使池塘藻相多样化。