神探狄仁杰葛天霸背叛铁手团的原因是：葛天霸想要扣押铁手团的盐船，结果被铁手团宗主颖王元齐发现，最终葛天霸被重伤，家丁也被全部关押，而在大女儿云姑回到了卧虎庄告诉了葛天霸小女儿亚青被铁手团杀手杀死，于是葛天霸彻底绝望，选择了背叛铁手团，帮助云姑和官军杀死了卧虎庄的全体铁手团杀手。