中国企业承建的蒙内铁路根据沿线野生动物迁徙种类和迁徙路径以及活动习性，专门设置了14个野生动物通道，线路两侧设置隔离栅栏，避免动物通过时与列车相撞。铁路还在小河沟等低洼处设置涵洞，方便斑马等动物饮水。这些细心的设计令国外媒体称赞“中国在非洲造的铁路，连长颈鹿都很满意”。

蒙内铁路始终秉持绿色发展理念。该条铁路途径内罗毕国家公园和察沃国家公园，为降低铁路对周围环境的影响，建设单位修建了高架桥和涵洞，即便是迁徙的动物也可以无障碍穿行。