电影蜈蚣3的结局就是蜈蚣的头和尾都死了，邪恶的医生也死了，至此电影结束。

在变态医生与警察交谈期间人体蜈蚣的头小日本拿到了一把刀，趁医生不备刺了医生的脚和膝盖，咬掉了医生脖子上的一块肉。

然后人体蜈蚣准备外逃，接着变态医生醒来追上三人组，小日本竟然割颈自杀，这时候前面两警察又来了。

两名警察和半死的医生同归于尽了。蜈蚣头死了，蜈蚣尾巴也死了，最后就剩中间那个人还活着。