陆生生态系统几乎包括了地球上所有的生态系统类型，主要有森林、灌丛、草甸、沼泽和荒漠等。森林生态系统以乔木为标志，灌丛生态系统主要有寒温性灌丛、暖性石灰岩灌丛、干热河谷灌丛和热性河滩灌丛等草甸类型多样，主要分为高寒草甸、沼泽化草甸和寒温草甸等。
水生生态系统有河流、湖泊等。六大水系，即金沙江、澜沧江、怒江、依洛瓦底江、元江和南盘江构筑了云南淡水生态系统的基本框架。而以滇池、洱海、抚仙湖、异龙湖和泸沽湖为代表的云南高原湖泊，反映了中国淡水生态系统的一些特殊性。
水生植被按其生活型分为挺水植物、浮叶植物、沉水植物和飘浮植物等4种类型。
水生动物方面，浮游动物、底栖动物和鱼类资源都很丰富。
各种分类群物种种数均接近或超过全国的一半以上，其中苔藓植物、鸟类所占比例最高，分别是68.2％和66.8％，哺乳类、蕨类植物、被子植物和淡水鱼类其次，裸子植物、爬行类和两栖类居后。
有国家重点保护野生动物164种，占全国重点保护野生动物种数的63.8%。其中Ⅰ级保护动物44种，Ⅱ级保护动物119种国家重点保护野生植物158种，占全国重点保护野生植物种数42.6%。其中一类保护植物4种，二类保护植物56种，居全国第一位。
具有180个中国被子植物特有属，其中约20个为云南省特产，如木兰科的华盖木，野牡丹科的药囊花等云南399种鱼类中，382种为云南原产鱼类。
