区别主要是身份不同，办事员属于公务员系列，是公务员级别最低的一类人员，也是机关工作人员的一种职别，在科员之下，升任科员需要3年以上时间。

职员的身份一般是事业人员，担任行政和业务工作的人员，在机关、企事业单位、学校、团体里担任行政或业务工作的人员 。