南京古建筑少有以下几个原因：

首先是战争原因，历史上战争对南京城破坏大的主要有，金兵南下攻破建康城毁了半座城，清朝曾国藩攻占天京城屠城三日，日本帝国主义于1937年12月攻占南京城并屠城使南京城遭到了极大的破坏。

政治原因，隋文帝杨坚命杨广率兵南下灭陈，为防止南陈势力“死灰复燃”下令毁灭建康城。

唐代也出于政治原因，大力发展扬州，而在南京只设立县。

城市发展原因，大规模的城建以及盲目的房地产开发，使相当一批古建筑及古遗址被毁。