要杀自来也的原因是：佩恩六道想让木叶感受痛苦，作为自来也的徒弟，长门已经走上了邪路，为了收集全部的尾兽，长门操控的六道佩恩杀死了来到了雨隐村调查的师父自来也，可以说这是一个非常残忍的选择，自来也也是拼尽全力，最终战死在了雨隐村。