主要区别有，一是含义不同，全额拨款指所需的事业经费全部由国家预算拨款，而差额拨款是按照差额比例，由国家和单位共同承担

二是稳定性不同，比起差额拨款来说，全额拨款相对稳定，而差额拨款存在的变动可能性很大，还存在很多不确定因素。