企业与事业单位的高级工程师是没有区别的。因为高级工程师职称资格证书是经过国家各省市人力资源部职业技能评定部门按照全国统一标准，条件，要求与程序进行申报，考核和评定的，并颁发相应职称资格等级证书。

所以，获得国家认可的高级工程师职称资格证书的，无任在社会上任何单位，其高级工程师职称资格都是会被认可的。