自主报关是指企业有外销许可证，且有相互的手续，而且由自己企业报关。而代理报关则是指企业没有出口许可证，而需要委托第三方有外销许可证的单位代理报关。但这需要支付一定比例的佣金作为回报。它们的区别在於：一个是自己有出口权，而另一个则没有出口权。