它的起源虽可追溯到远古时代，但与食品化学相关的研究和报道则始于18世纪末期。这个时期，一些化学家、植物学家等开始以食物为对象，从中分离某些成分。

第一阶段，天然动植物特征成分的分离与分析阶段。

第二阶段，19世纪早期，食品化学在农业化学发展的过程中得到了不断充实，开始在欧洲占据重要地位，体现在建立了专门的化学研究实验室，创立了新的化学研究杂志。