大连科兴和北京科兴的区别是生产厂家不同。

北京生物疫苗的生产厂家是中国国药集团，科兴疫苗的生产厂家是北京科兴中维生物技术有限公司。但是两个公司的疫苗都是灭活疫苗，大连科兴的疫苗原液是由北京科兴中维生产，在大连科兴分包装，两者是没有差异的。