1360年（至正二十年），被朱元璋请至应天（今南京），任谋臣，呈现一个特别胜利的兵法家的才能。

刘基针对当时形势，向朱元璋提出避开两线作战、各个击破建策，被接受。辅佐朱元璋集中兵力先后灭陈友谅、张士诚.等势力。

刘伯温并建议朱一方面脱离“小明王”韩林儿独立势力，却另一方面以“大明”为国号来招徕天下义师的民心。