因为绫波丽的主要作用是被当做“莉莉丝的灵魂容器”，之所以把莉莉丝的灵魂抽出来，是防止本体完全再生之后失控。但也有更重要的作用，碇源渡想要控制莉莉丝，来完成自己重新见到唯的计划。

所以碇源渡下令用残留在lcl溶液中的碇唯的DNA，制造了绫波丽，并不断用自己的方式来关爱她，成为了她内心的全部。最后绫波丽变成了lcl。