人类的SRY基因定位于Yp11.3，编码一个含204个氨基酸残基的蛋白，称SRY蛋白。SRY蛋白包含一段79个氨基酸残基的基序，称HMG box。HMG box在进化上高度保守，这段保守区在哺乳动物间有高度的同源性，例如，人类SRY和小鼠Sry的HMG box序列有71％的同源性。