耕地占补平衡指标交易一般通过协议交易和挂牌交易进行，协议交易居多。流程如下:

备案申请。耕地占补平衡指标交易双方向省交易机构提出备案申请，交易双方申请备案时应提交以下材料：备案申请书、双方已签订的耕地占补平衡指标交易协议和需提交的其他材料。

备案公告。省级交易机构受理申请后在省级自然资源厅门户网站、自然资源交易网进行公告。