免于起诉是由各级检查机关决定的。我国现行的施法制度中，公安机关负责抓捕并侦查犯罪嫌疑人。当公安机关对涉嫌犯罪的嫌疑人侦办完成之后，会把嫌疑人的立案审查卷宗移交检查机关，由检查机关去审理判断要不要起诉该案，如果检查机关觉得公安机关移交地案件不够达到起诉标准，就会做出免于起诉的决定。