主城九区的公交卡和区县公交卡是分开使用的，属于不同的结算体系。包括微信，云闪付，支付宝扫码支持都是分开了的。当然听说后期是可以大重庆通用的，目前还不可以。你如果使用的话可以同时申请主城和区县的二维码，用的时候切换一下就行了。