关于哈拉帕和摩亨佐达罗文明灭亡的原因学界仍有争论。

有些学者认为，由于土地的过度耕作、水利设施被忽略或破坏以及长期伐林掘土烧砖，土壤逐渐恶化，致使哈拉帕和摩亨佐达罗文明趋于没落。

有些学者认为，印度河流域城市文明的富足，引来了山地部落的入侵，结果造成文明的毁灭。

还有学者认为，哈拉帕摩亨佐达罗文明的衰亡是雅利安人侵入的结果。

这种学说虽然曾经盛行一时，但是雅利安的侵入在公元前1500年以后，而现在已经测定哈拉帕和摩亨佐达罗文明在此以前就已经衰亡了。