怀孕后建档流程是在14周之内去当母婴保健医院，带夫妻双方的身份证，户口本，结婚证和准生证的原件和复印件先做B超检查，确定是宫内怀孕，女方空腹抽血化验血常规，尿常规，肝功，肾功，梅毒，艾滋病，血型，血糖，还有心电图的检查，如果检查结果正常，建立母婴保健手册。