矿源黄腐酸钾为碱性，不能与酸性的肥料和农药混合使用，也不能和传统的中微量元素肥料混合使用，否则会产生拮抗作用，影响到施肥的效果（可以和螯合态中微量元素混合使用）。矿源黄腐酸钾的养分含量十分高，使用时应当进行二次稀释，并且要少量多次使用，避免烧苗烧根。矿源黄腐酸钾在用水溶解之后，应当尽快使用，否则长期放置后有可能会产生沉淀。