南京水域面积大11%以上，秦淮河，金川河 玄武湖，莫愁湖，百家湖，固城湖，金牛湖等大小湖泊，长江穿城，沿江岸线长达200公里。

境内共有大小河道120个，分属两江，两湖，两河，以跨省市流域分布水系，可划分为长江段，滁河，秦淮河，青戈河，水阳江四大水系。