常用的有机荧光染料标记物有荧光素类，以及罗丹明类染料。其中，荧光素类标记物的荧光量子产率高，有较好的光稳定性和低的温度系数，但对样品的散射光敏感。

而罗丹明类标记物的荧光产率较小，但其发射波长较长，受样品背景干扰较小。