元始天尊堕落成为暗魂的原因是：元始天尊和三清之一的灵宝天尊是死敌，在天宫创立后，元始天尊非常不满灵宝天尊，于是元始天尊体内的暗黑力量开始爆发，最终成为了暗魂首领，元始天尊开始了组建暗魂势力对抗天宫，这也是元始天尊不满灵宝天尊的结果。