按照惯例，BOT项目的运作程序主要包括：确定项目方案阶段、项目立项阶段、招标准备阶段、资格预审阶段、准备投标文件阶段、评标阶段、谈判阶段、融资和审批阶段、实施阶段（包括设计、建设、运营和移交）。

对于发起BOT项目的国内政府及其代理机构而言，从确定方案阶段开始到实施阶段之前的各阶段，是BOT项目的前期工作，需要落实各种建设条件、选定投资人、落实项目资金来源、基本确定建设方案。这一过程可以采用协商方式，也可以采用招标方式。大型的或者复杂的BOT项目，往往采用招标方式来选择投资人。