DARPA通过高效的组织架构、灵活的研究团队和高度自主的授权机制充分发挥科研人才的潜力，营造开放的、利于创新的科研环境。

其组织架构有两个特点：一是扁平化的管理模式可缩短决策流程。项目办公室彼此完全独立，享有完全的自主决策权，这有利于激发项目经理的潜能，创造良好的创新环境二是因时因需调整机构设置，每个技术办公室的确立完全由战略规划的需求决定，随总体战略进行调整。