有两种说法：一说源于一个村名，1513年哥伦布的助手来到巴拿马，他选择一个小渔村作为据点，称作“巴拿马”，意为“渔乡”、“鱼群”，1519年宣布此地为巴拿马城，后扩展到整个地区一说巴拿马城内有一湖，名日“加通”湖，湖畔到处彩蝶飞舞。在印第安语中“巴拿马”一词意为“蝴蝶国”。