《金色的琴弦3》以《金色的琴弦》8年后为舞台，描写为了锻炼小提琴演奏水平，主人公小日向奏转入横滨的音乐教育名校星奏学院。她接受校长的推荐加入了全校最多音乐科学生所属的“交响乐团部”。

正好交响部正为这个夏天将要举行的“全国学生音乐合赛”的室内乐部门募集参赛队员。

小日向奏和她的同学们，将要和来自全国的许多强校对抗。挑战决不能输的比赛，和周围男生们认真的眼神、还有烟火大会、夏日祭奠等种种酸酸甜甜的回忆……