机灵一般形容人的心性品性，比如:她机灵聪明，基本不说动物。

灵巧可以作为形容词也可以作为副词使用，可以形容人也可以形容动物，主要是形容动作上的，比如可以说灵巧的双手，也可以说猴子灵巧地跳到一边去了。

灵活，既可以形容动作也可以形容头脑，既可以用于人也可以用于动物，比如说她动作灵活、头脑灵活。

在形容精细的动作时，灵巧比灵活更恰当。