肯定是犯法的。农村厕所改造是国家为改善农村生活环境的重要的一个措施，扣押农村厕改造补助款肯定是会影响到农村厕所改造的进度的，这样呢就会影响到农村环境的改善，这个款项也是国家的款子，如果被扣押了同样是扣押了公款，是犯法的行为。
扣押农村厕所改造补助款犯法吗
犯法。农村厕所改造是当前我国建设新农村一项重要举措，大大改善了农村卫生，脏、乱、差得到有效控制，农村的卫生条件进一提高。私自扣押农村厕所改造补助款，导致这部分资金不能及时到位，延缓了国家的政策和计划，这属于严重的违法犯罪行为，理应受到法律的制裁！
