食用菌的分离纯化的方法很多，常用的有组织分离法、孢子分离法和基内菌丝分离法三种。

组织分离法是将食用菌的部分组织移接到斜面培养基上获得纯培养的方法。具体步骤是将菌核表面洗净，用消毒酒精或升汞消毒后，切开菌核，取中间组织一小块，约黄豆大小，接种在PDA培养基斜面上，在20～25℃下培养，产生菌丝后进行分离纯化。