1597年4月27日，芭芭拉和开普勒结婚。在他们婚姻的早年，他们生育了两个子女（海因里希与苏珊娜），但是都在襁褓里夭折了。1602年，他们又生了一个女儿（苏珊娜），1604年，生了一个儿子（弗里德里希），1607年又生了一个儿子（路德维格）。

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