昆明南站站区自西向东划分为西广场、站场、东广场三部分。西广场面向城市，是步行景观广场。西广场作为公交大巴的停靠点，旅客下车后可由西广场直接购票进站。南站站场主要建筑是主站房，主站房建筑层数三层，分为出站层、站台层和高架层。出站层为公交、地铁、旅游大巴、出租车接驳层站台层为列车停靠及旅客乘降区高架层为旅客进站和候车区。

东广场紧邻白龙潭山脚，为交通广场，与出站层平行。旅客可以通过旅游大巴、公交大巴、出租车到此乘坐高铁，也可以出站后在此换乘多种交通工具。