1、科属不同：空心菜是茄目旋花科番薯属的一年生的草本植物，而水通菜是桔梗目菊科茼蒿属的一年生或者两年生的草本植物。

2、外形不同：空心菜的茎有节并且是中空的，但是水通菜的茎是没有节的，也不是空心的。

3、习性不同：空心菜耐热性比较强，适合生长在温暖湿润的环境中，水通菜则是半耐寒性的植物，喜欢生长在冷凉的环境中。