总体排名来说，东南大学比北京交通大学要好。东南大学是985大学，在国内的排名应该是前20，北京交通大学是211大学，在国内排名是70左右。但是两个学校在专业的设置上也是各有特色，东南大学的建筑、电子等专业在国内是排名数一数二的，北京交通大学在交通运输、交通工程等专业上也是颇具特色，独树一帜。