在清洗时，排空机内剩水后，将消毒机的接口和纯水机的入水口对接上，将臭氧注入纯水机内胆，经过大约20分钟后的熏蒸，装上水桶后放出少量的水。由于臭氧在常温下的半衰期为20-50分钟，几个小时内可以全部分解，氧化生成为无害的氧气、水和二氧化碳，在经过臭氧杀菌清洗后，一两个小时就可以喝到放心的水了。但要注意的是，这种清洗方法不能清除掉纯水机水垢等杂质。