可以。只要有借贷关系存在并且借贷人不清帐就可以对他提起诉讼。

微信里借1000元已经是借贷事实，借贷人不还的话就可以起诉他。保留好手里的借贷证据。包括微信里的转账记录、聊天记录等有关借贷的证据材料。这些在诉讼阶段是要用到的。

当然这是小额债务纠纷，也可以在诉讼之前调解解决。