南京医科大学设有两个校区（五台校区和江宁校区）。

五台校区位于南京市鼓楼区五台山南麓，占地120亩，是临床教学的中心。江宁校区位于南京市江宁区大学城，占地面积1470亩，是教学和科研的主中心。

学校设有16个本科专业、2个六年制双学位专业和5个七年制专业（方向）。目前，在校生总数有1.3万多人，已形成从本科生、研究生到博士后，从全日制到成人教育、留学生教育全方位、多层次的教育体系。